Ο ΚΟΑΠ, έχει ως αποστολή του, να είναι ένας κατάλληλα οργανωμένος και αποτελεσματικός φορέας, με ύψιστο αίσθημα ευθύνης για ακριβείς και έγκαιρες πληρωμές στους δικαιούχους αιτητές.
Ο Οργανισμός διασφαλίζει την απορρόφηση των Ευρωπαϊκών κονδυλίων που αναλογούν στον αγροτικό κόσμο της Κύπρου αλλά και την καταβολή κρατικών ενισχύσεων στους δικαιούχους. Η λειτουργία του, βασίζεται σε ένα πολυσύνθετο νομοθετικό πλαίσιο, που περιλαμβάνει κυρίως Κανονισμούς και Οδηγίες της ΕΕ, αλλά και σχετική εναρμονιστική εθνική νομοθεσία. Για να δικαιούται ο Οργανισμός να διενεργεί πληρωμές, εφαρμόζει αυστηρά πρότυπα ελέγχου και ασφάλειας, και διασφαλίζει τη διαρκή διαπίστευση του, μια μορφή άδειας λειτουργίας στη βάση των Κανονισμών και Οδηγιών της ΕΕ.
Την απόλυτη ευθύνη για την αποτελεσματική λειτουργία του Οργανισμού φέρει ο Επίτροπος Αγροτικών Πληρωμών. Το Τμήμα Διοίκησης και Ανθρώπινου Δυναμικού βοηθά τον Επίτροπο, παρέχοντας τα κατάλληλα μέσα για την υποστήριξη και ενίσχυση της λειτουργίας όλων των Τμημάτων, Υπηρεσιών και Επαρχιακών Γραφείων του Οργανισμού. Μέσα από τη διαμόρφωση και εφαρμογή διαδικασιών και σε συνάρτηση με τους διαθέσιμους πόρους και την ορθολογική διαχείριση και αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού του Οργανισμού, το Τμήμα στηρίζει τον Οργανισμό με στόχο τη μεγιστοποίηση της αποδοτικότητας και της αποτελεσματικότητας του, τη βελτίωση της εξυπηρέτησης του προς τον αγροτικό μας κόσμο και γενικότερα την επίτευξη του οράματος και την υλοποίηση της αποστολής του.
Το Τμήμα Διοίκησης συντονίζει και την λειτουργία του Τηλεφωνικού Κέντρου Εξυπηρέτησης του Αγρότη (Call Center), στο 77 77 1999 το οποίο παρέχει πληροφορίες στο κοινό σχετικά με τα Μέτρα ενίσχυσης και τις δραστηριότητες του Οργανισμού.