Η λειτουργία του Οργανισμού, βάσει οδηγιών της ΕΕ, στηρίζεται στην αυτοματοποίηση και στη σύγχρονη τεχνολογία πληροφορικής μέσω των οποίων διασφαλίζεται καλύτερος έλεγχος και ποιότητα. Για το σκοπό αυτό ο ΚΟΑΠ δημιούργησε Τμήμα Πληροφορικής, το οποίο ασχολείται με τη μελέτη, την υλοποίηση, τη λειτουργία και την υποστήριξη συστημάτων πληροφορικής και έχει σαν αποστολή του την παροχή υπηρεσιών για την ομαλή διεκπεραίωση των εργασιών του, αλλά και την άμεση εξυπηρέτηση του αγροτικού κόσμου της Κύπρου μέσω των συστημάτων που διαθέτει.
Πιο συγκεκριμένα, οι κύριες ευθύνες και αρμοδιότητες του Τμήματος περιλαμβάνουν:
- Σχεδιασμό, ανάπτυξη και υποστήριξη συστημάτων πληροφορικής. Μία σημαντική εργασία που έχει αναλάβει και διεκπεραιώσει το Τμήμα Πληροφορικής του ΚΟΑΠ είναι η ανάπτυξη και η λειτουργία του συστήματος υποβολής της ηλεκτρονικής αίτησης που διαθέτει τα τελευταία χρόνια. Με τον τρόπο αυτό βοηθά και εξυπηρετεί καλύτερα τον κύπριο αγρότη.
- Προμήθεια του απαραίτητου λογισμικού για να εκπληρώνει ο Οργανισμός την αποστολή του, είτε με αγορά είτε με ανάπτυξη τέτοιου λογισμικού, για την πιο γρήγορη, ορθή και αποτελεσματική εξυπηρέτηση του κοινού.
- Προσφορά υποστήριξης στους Αναδόχους για τη διεκπεραίωση των καθηκόντων τους όσο αφορά την εφαρμογή Μέτρων επιδότησης για την άμεση πληρωμή των δικαιούχων.
Τέλoς ο Κυπριακός Οργανισμός Αγροτικών Πληρωμών έχει αναπτύξει και συντηρεί διαδικτυακό χώρο (website) ο οποίος παρέχει όλες τις πληροφορίες που χρειάζεται να γνωρίζει ένας δικαιούχος αιτητης. Η Ηλεκτρονική διεύθυνση του οργανισμού είναι www.capo.gov.cy.