Η Υπηρεσία Ποιοτικού Ελέγχου (ΥΠΕ) του Κυπριακού Οργανισμού Αγροτικών Πληρωμών (ΚΟΑΠ) ενεργεί κυρίως ως συμβουλευτικό όργανο το οποίο βρίσκεται πάντα στην διάθεση του Επιτρόπου Αγροτικών Πληρωμών. Στόχος της ΥΠΕ είναι η διασφάλιση της ποιότητας και η αύξηση της αποτελεσματικότητας των εργασιών του ΚΟΑΠ. Για το σκοπό αυτό η ΥΠΕ παρακολουθεί, επιθεωρεί, και ελέγχει την ποιότητα των εργασιών των διαφόρων Τμημάτων, Υπηρεσιών και Αναδόχων Οργανισμών του ΚΟΑΠ, ώστε να διασφαλιστεί ότι οι καθημερινές διεργασίες, καθώς και οι λεπτομερείς διαδικασίες, διενεργούνται σύμφωνα με προκαθορισμένα πρότυπα όπως αυτά καταγράφονται στα αντίστοιχα εγχειρίδια εφαρμογής διαδικασιών.
Τα αποτελέσματα των ελέγχων που διεξάγει η ΥΠΕ υποβάλλονται κατευθείαν στον Επίτροπο. Επιπρόσθετα και όπου αυτό ενδείκνυται η ΥΠΕ προχωρεί στην υποβολή εισηγήσεων, για την βελτίωση της ποιότητας των εργασιών, για την επίλυση διάφορων προβλημάτων και τη συστηματική απομάκρυνση αιτιών που είναι δυνατόν να συντελούν στην μείωση της αποτελεσματικότητας του Οργανισμού. Επίσης όπου αυτό είναι δυνατόν, η ΥΠΕ προχωρεί στην επιμέτρηση / καταγραφή της προόδου που επιτυγχάνεται.
Η ΥΠΕ είναι στελεχωμένη με τέσσερις υπαλλήλους του ΚΟΑΠ, δύο Λειτουργούς Αγροτικών Πληρωμών, ένα Τεχνικό Αγροτικών Πληρωμών και μια Γραμματέα. Κάθε έτος καταρτίζεται Ετήσιος Προγραμματισμός Επιθεωρήσεων ο οποίος περιλαμβάνει αντιπροσωπευτικό δείγμα όλου του φάσματος των εργασιών του ΚΟΑΠ. Το δείγμα αυτό επιλέγεται μετά από συλλογή των απαραίτητων στοιχείων για όλες τις εργασίες του ΚΟΑΠ, την εκτίμηση των κινδύνων που απορρέουν από τα στοιχεία αυτά και την ανάλυση αυτών ώστε το δείγμα που θα επιλεχθεί να είναι το πλέον αντιπροσωπευτικό. Ο Ετήσιος Προγραμματισμός Επιθεωρήσεων της ΥΠΕ εγκρίνεται από τον Επίτροπο.
Πριν την έναρξη κάθε ελέγχου συλλέγονται όλα τα σχετικά έντυπα και πληροφορίες, μελετούνται και αξιοποιούνται κατάλληλα έτσι ώστε να διασφαλίζεται η ποιότητα των ελέγχων. Η ΥΠΕ δύναται να δημιουργήσει καταλόγους ελέγχου (checklists) στις περιπτώσεις όπου κρίνεται αναγκαίο και όπου πιστεύεται ότι θα βοηθήσει στην καλύτερη οργάνωση του ελέγχου. Η ΥΠΕ δύναται επιπλέον να προβαίνει σε συνοδευόμενες επιθεωρήσεις πριν από την έναρξη του ελέγχου καθ’ αυτού για καλύτερη γνώση του αντικειμένου ελέγχου.
Κατά τη διάρκεια του ελέγχου, διεξάγεται αποτελεσματικός έλεγχος των αρχείων που τηρούνται όπως απαιτείται από τους Νόμους και Κανονισμούς που ρυθμίζουν την λειτουργία των δραστηριοτήτων και αναγκών του ΚΟΑΠ. Η διαδικασία αυτή έχει ως σκοπό τον έλεγχο εντύπων και σχετικών εγγράφων που φυλάσσονται από κάθε Υπηρεσία, Τμήμα και Ανάδοχο Οργανισμό πριν ή μετά το πέρας κάθε διεργασίας, έτσι ώστε να διασφαλίζετε η σωστή λειτουργία όπως αυτή καταγράφεται στα σχετικά εγχειρίδια διαδικασιών.
Στη συνέχεια, διεξάγονται επιτόπιοι έλεγχοι για την διακρίβωση της ταυτοποίησης των διαδικασιών που αναγράφονται στα αντίστοιχα εγχειρίδια. Οι επιτόπιοι έλεγχοι περιλαμβάνουν τόσο συνοδευόμενους ελέγχους, όπου ο Λειτουργός ή Τεχνικός της ΥΠΕ συνοδεύει τον επιτόπιο ελεγκτή του Τμήματος, Υπηρεσίας ή Αναδόχου Οργανισμού κατά τη διενέργεια του ελέγχου, όσο και έλεγχους επανεκτέλεσης, όπου ο Λειτουργός ή Τεχνικός της ΥΠΕ επανεκτελεί τον επιτόπιο έλεγχο που έχει ήδη διενεργηθεί από τον επιτόπιο ελεγκτή του Τμήματος Υπηρεσίας ή Αναδόχου Οργανισμού. Πέρα από τα σημεία ελέγχου που καταγράφονται στον κατάλογο ελέγχων της ΥΠΕ, ο Λειτουργός της Υπηρεσίας δύναται να διεξάγει επιπρόσθετους ελέγχους σε περίπτωση που διαπιστώσει ότι υπάρχει ασάφεια ή παράληψη ή παρατυπία. Οι επιτόπιοι έλεγχοι δύναται κατ’ επιλογή να διενεργούνται αιφνιδιαστικά.
Με την ολοκλήρωση του ελέγχου, η ΥΠΕ προχωρεί στην ενημέρωση του Επιτρόπου αλλά και της υπό έλεγχο Υπηρεσίας, Τμήματος και Ανάδοχου Οργανισμού για τα ευρήματα του ελέγχου, έτσι ώστε να λαμβάνονται άμεσα οι κατάλληλες διορθωτικές ενέργειες που αποσκοπούν στην συνεχή βελτίωση και διασφάλιση της ποιότητας των εργασιών σε όλα τα επίπεδα. Η ενημέρωση αυτή γίνεται γραπτώς ή προφορικώς, ανάλογα με την περίπτωση. Επιπλέον, ετοιμάζεται αναφορά από την ΥΠΕ, η οποία παρουσιάζεται στα πλαίσια της συνάντησης του Επιτρόπου με τους Υπεύθυνους Τμημάτων και Υπηρεσιών, και στην οποία περιλαμβάνεται περίληψη των μη συμμορφώσεων που εντοπίστηκαν κατά τους ελέγχους που διενέργησε η ΥΠΕ, καθώς και η μέτρηση και παρακολούθηση της επίλυσης των μη συμμορφώσεων αυτών από τα αντίστοιχα Τμήματα, Υπηρεσίες και Ανάδοχους Οργανισμούς.