Ο ΚΟΑΠ ιδρύθηκε με βάση του κανονισμού της Ευρωπαϊκής Ένωσης για τη χρηματοδότηση της Κοινής Αγροτικής Πολιτικής. Αποτελεί ανεξάρτητο νομικό πρόσωπο που δεν υπάγεται σε οποιοδήποτε Υπουργείο ή Τμήμα της Κυβέρνησης. Συστάθηκε και λειτουργεί ως αυτόνομος δημόσιος οργανισμός, με βάση δική του νομοθεσία που του παρέχει σημαντική ευελιξία ώστε να μπορεί να εργάζεται γρήγορα και αποτελεσματικά, ανταποκρινόμενος στις αυστηρές προδιαγραφές και χρονικά πλαίσια που θέτει η Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Ο ΚΟΑΠ εκτός από τα κεντρικά του γραφεία στη Λευκωσία, λειτουργεί Επαρχιακά Γραφεία στη Λευκωσία, Λεμεσό, Λάρνακα, Αμμόχωστο, Πάφο και Περιφερειακό Γραφείο στην Πιτσιλιά (με έδρα τον Αγρό).Τα Επαρχιακά Γραφεία έχουν καθήκον να παράσχουν άμεση και αποτελεσματική εξυπηρέτηση στους αγρότες όσο το δυνατόν πλησιέστερα στην περιοχή τους.
Επαρχιακό Λευκωσίας
Το Επαρχιακό Γραφείο Λευκωσίας βρίσκεται στην οδό Ιφιγενείας 34 στο Στρόβολο, και αποτελείται από 17 υπαλλήλους. Ένα επαρχιακό διευθυντή, τέσσερις Λειτουργούς, και δώδεκα γραφείς. Δυο από τους γραφείς είναι υπεύθυνοι για το τηλεφωνικό κέντρο και την εξυπηρέτηση των αγροτών. Εξυπηρετούν τον αγρότη όσο το δυνατό πιο αποτελεσματικά λύνοντάς του τις απορίες και διευκρινίζοντας του τα θέματα που τον ενδιαφέρουν. Πέραν της τηλεφωνικής εξυπηρέτησης ο αγρότης μπορεί να επισκεφθεί επί τόπου το Επαρχιακό Γραφείο Λευκωσίας για επίλυση προβλημάτων ή οποιεσδήποτε διευκρινήσεις. Το Επαρχιακό είναι υπεύθυνο για να διανέμει πληροφοριακό υλικό, και να παρέχει οδηγίες στους αγρότες σχετικά με τα μέτρα στα οποία ενδιαφέρονται αυτοί να συμμετάσχουν. Επίσης οργανώνει περιφερειακές παρουσιάσεις σε αγροτικά κέντρα, για ενημέρωση σχετικά με τις δραστηριότητες και τα διάφορα μέτρα που εφαρμόζει ο Οργανισμός. Το προσωπικό προσφέρει καθοδήγηση, εξυπηρέτηση και πληροφορίες στους αγρότες ώστε να συμπληρώνουν τις αιτήσεις τους ορθά και απαντά σε οποιεσδήποτε ερωτήσεις ή δυσκολίες μπορεί να προκύψουν. Τα επαρχιακά γραφεία του ΚΟΑΠ δεσμεύονται να παρέχουν υψηλής ποιότητας εξυπηρέτηση στους αγρότες με τέτοιο τρόπο που να διασφαλίζεται η άμεση εξυπηρέτηση με ευγένεια και επαγγελματικότητα.
Τα Επαρχιακό Γραφείο Λευκωσίας ασχολείται κυρίως με το μέτρο των Άμεσων Πληρωμών, τις Εκταρικές Επιδοτήσεις. Το 2008 στην Λευκωσία έχουν παραληφθεί 12617 αιτήσεις για το Σχέδιο Εκταρικών Επιδοτήσεων από σύνολο 39413 αιτήσεων Παγκύπρια. Αναλαμβάνει την παραλαβή και καταχώρηση των αιτήσεων στο λογισμικό σύστημα του Οργανισμού, τον οπτικό έλεγχο των αιτήσεων, και την διαδικασία αποδοχής και έγκρισης των αιτήσεων για πληρωμή.
Στην κατηγορία των Άμεσων Πληρωμών εμπίπτει και το μέτρο της Κεφαλικής Επιδότησης Βοοειδών και Αιγοπροβάτων για το οποίο το Επαρχιακό είναι υπεύθυνο για την παραλαβή, καταχώρηση, και αποδοχή των αιτήσεων (εκτός από τις αιτήσεις αιγοπροβάτων όπου η παραλαβή γίνεται στο Τμήμα Γεωργίας)
Επίσης όσο αφορά τις Κοινές Οργανώσεις Αγοράς & Μηχανισμούς Εμπορίου το Επαρχιακό αναλαμβάνει την παραλαβή, καταχώρηση και αποδοχή για το μέτρο Ποσοστώσεις Αγελαδινού Γάλακτος. Στόχος αυτού του μέτρου είναι ο περιορισμός της ανεξέλεγκτης παραγωγής αγελαδινού γάλακτος στην ΕΕ, έτσι που να περιοριστούν τόσο τα πλεονάσματα γάλακτος, όσο και των γαλακτοκομικών προϊόντων.
Το Επαρχιακό Λευκωσίας ασχολείται και με κάποια από τα μέτρα του σχέδιο Αγροτικής Ανάπτυξης τα οποία συμπεριλαμβάνουν τα ακόλουθα:
Μέτρο 2.1 - Παροχή εξισωτικών πληρωμών σε μειονεκτικές περιοχές.
Μέτρο 2.3 - Αγροπεριβαλλοντικές υποχρεώσεις
- Καθεστώς 2.3.1 - Αγροπεριβαλλοντικές υποχρεώσεις στα οινοποιήσιμα και επιτραπέζια αμπέλια.
- Καθεστώς 2.3.2 - Αγροπεριβαλλοντικές υποχρεώσεις στις πατάτες (τριετής αμειψισπορά και ολοκληρωμένη διαχείριση παραγωγής).
- Καθεστώς 2.3.3 - Αγροπεριβαλλοντικές υποχρεώσεις στα εσπεριδοειδή (ολοκληρωμένη διαχείριση παραγωγής, μηχανική αντιμετώπιση ζιζανίων έναντι χρήσης ζιζανιοκτόνων).
- Καθεστώς 2.3.4 - Αγροπεριβαλλοντικές υποχρεώσεις στις αροτραίες καλλιέργειες.
- Καθεστώς 2.3.5.β - Διάσωση παραδοσιακών ποικιλιών οινοποιήσιμων αμπελιών.
- Καθεστώς 2.3.6. - Διατήρηση φυσικής αξίας του γεωργικού περιβάλλοντος και του παραδοσιακού τοπίου με έμφαση στις μειονεκτικές περιοχές (παραδοσιακά δέντρα και θάμνοι).
- Καθεστώς 2.3.7. - Ανάπτυξη της βιολογικής παραγωγής
.Τα πιο πάνω Μέτρα και Καθεστώτα του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης 2007-2013 συμπεριλαμβάνονταν στην ενιαία αίτηση Εκταρικών Επιδοτήσεων του 2009 για διευκόλυνση των αγροτών. Για τα υπόλοιπα μέτρα ο Οργανισμός συνεργάζεται με ανάδοχους για την έγκριση των πληρωμών. Με αυτή την επιλογή αξιοποιήθηκε η προηγούμενη πείρα των φορέων σε συγκεκριμένα μέτρα.