Αναφορικά με την Β’ Προκήρυξη του Καθεστώτος 3.2, η οποία λήγει στις 27 Ιουλίου 2021, διευκρινίζεται ότι βάσει του Άρθρου 69 (3) (γ) του Κανονισμού (ΕΕ) 1303/2013 ο Φόρος Προστιθέμενης Αξίας (Φ.Π.Α.) είναι επιλέξιμη δαπάνη, μόνο στις περιπτώσεις που δεν είναι ανακτήσιμος δυνάμει της εθνικής νομοθεσίας για τον ΦΠΑ.
Εξυπακούεται ότι ο Κανονισμός δεν αναφέρεται στις οντότητες που μπορούν να εγγραφούν στο Μητρώο ΦΠΑ αλλά δεν γράφονται για οποιονδήποτε λόγο, αλλά στις οντότητες που δυνάμει του Νόμου περί ΦΠΑ δεν μπορούν να εγγραφούν και δεν μπορούν να εκπίπτουν οποιαδήποτε ποσά ΦΠΑ.
Νοείται ότι προς εξακρίβωση της επιλεξιμότητας του ΦΠΑ, θα διενεργούνται όλοι οι απαραίτητοι έλεγχοι και θα ζητούνται σχετικές βεβαιώσεις, ειδικότερα από το Τμήμα Φορολογίας.